Hola, jgaete.
Supongo que están pasando a la función el
value del campo de texto. En ese caso lo está recibiendo como un string y no como un número. Tienes que hacer algo así:
if (parseInt(numero1)<parseInt(numero2))
Saludos,
P.D. Te recomiendo que pongas un título más descriptivo en tus mensajes. Resultará más útil para todos.