Hola, mackpipe.
Suponiendo que tus dos cajas de texto sean estas:
<input type="text" id="ini">
<input type="text" id="fin">
La función para validar podría ser:
function validar() {
inicio=document.getElementById('ini').value;
final=document.getElementById('fin').value;
inicio=new Date(inicio);
final=new Date(final);
if(inicio>final)
alert('Fechas erroneas');
}
Puede que haya otras formas de hacer esto mismo, porque no estoy muy puesto en el tema de fechas, pero creo que puede servirte.
Saludos,