Se me hace un poco raro
porque cuando yo hago la importacion si me respeta lo autonumericos... lo que no me respeta es la llave..
es decir en modo diseño no me aparece la llavecita, pero solo es cosa de volverla a colocar y listo... pero en cuando son muchas tabla mejor le saco un backup a la BD y luego la restauro y me respeta todo, y posteriormente elimino las tablas que no necesite.
Saludos