Hola.
Primero, perdón por no haber contestado antes.
Segundo. El fallo está en tu script 'barra.js'. Al hacer tantas actualizaciones (setTimeOut) para lograr el cambio de color, haces parpadear a toda la página. Si quieres colorear la barra, déjala sólo de un color y verás que ya no te pasa eso que dices.
Sólo te pasa en IE porque en los demás navegadores, no funciona el cambio de color de la barra de desplazamiento.
Un saludo.
