yo tb uso servidores web en mi equipo lo que pasa es que en forma local te lo hace ya que estas en la misma ruta de archivo por de cirlo de alguna forma para que me entiendas en donde tu pones
popup("pagina.html")
debes escribir la ruta en modo servidor web osea
http://direccion_ip:puerto/carpeta donde esta la pagina/pagina.html
prueba eso por lo menos yo lo debo hacer asi uso el tomcat.