Hola mafima.
Prueba con esto:
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
function cuenta(){
setTimeout("cierra()", 5000);
}
function cierra(){
close();
}
</script>
</head>
<body onload="cuenta()">
Este popup se autodestruirá en 5 segundos...
</body>
</html>
Saludos.