No hago más que contestarme a mi mismo, pero bueno, quiza a alguien le pueda ayudar. Al final resolví el tema de los porcentajes en el IFRAME, para ello tuve que reestructurar un poco la tabla.
Código:
<TR>
<TD WIDTH="100%" HEIGHT="100%" VALIGN="top">
<TABLE ALIGN="center" WIDTH="100%" CELLSPACING="1" CELLPADDING="0" border=1>
<TBODY>
<TR><TD WIDTH="100%" HEIGHT="100%" VALIGN="top">
<IFRAME id="centro" name="centro" src="http://" height="100%" width="100%" frameborder=0></IFRAME>
</TD></TR>
</TBODY>
</TABLE>
</TD>
</TR>
Salu2
Txarly