"halt" es lo mismo que "shutdown -h now". La diferencia es que el "shutdown" te permite hacer más cosas. Por ejemplo, "shutdown -h +30" te apaga tu PC en 30 minutos (muy útil para escuchar música antes de dormir
).
Cuando ejecutas halt o shutdown, se realiza automáticamente el "desmontaje" de las particiones, CDs, disquettes, etc., así que no hay problema.