Fjmasero:
Aunque la característica de ventana "dependent" se incluyó en JavaScript a partir de la versión 1.2, tú sabes que el navegador de microsoft no tiene un soporte completo de este lenguaje, además de que tiene muchas funciones, métodos y propiedades no estandarizadas.
La lista de caracteristicas para una ventana abierta con window.open en IE la encuentras en:
MSDN .
Para que funcione con ese (desagradable) navegador tendrás que usar el código sugerido por Caricatos.
Saludos.