Hola,
Muchos de esos sistemas tienen forma de integrarlos con carritos de compra en tu web, permitiendo mandar los datos desde tu web a su sistema. Por ejemplo, oscommerce soporta 2checkout y paypal como metodos de pago (
http://www.oscommerce.com/about/gateways).
Pero lo que no te permiten es registrarse como tu comprador.
Saludos.