Mira, en principio cuando comence a utilzar PHP y MySQL no estaba seguro de como se realizaban estas comparaciones (ahora se que en PHP son lo mismo), pero para ser mas especificos: en C tu puedes comparar variable=="string" si variable ha sido definida char *, y no quiero meterme a hablar de C pq no es el obejtivo de este foro, pero ademas te puedo decir q la misma comparacion se puedde realizar con la funcion strcmp(variable,string). Por esta razón, y es algo a lo que ya me acostumbre en lo personal, utilizo "=" para comparar valores numéricos y "like" para comparar strings.
Creo que en gustos y versatilidad no hay nada escrito, no es que representen problemas directamente, más bien "yo era el del problema".
Saludos
Heraldex