Hola!!!
Si teneis un Linux 100% operativo y lo único que ocurre es que al reinstalar el Windows os ha machacado el sector de arranque, tan solo teneís que entrar en vuestro linux (CD o diskette de arranque) y volver a decirle al GRUB que se ponga en el sector de arranque.
Para ello echarle un ojo a este link que esta todo muy bien explicado.
http://www.linux.cu/manual/grub/grub.es.html
Suerte, un saludete
kripton