Pues lo primero es que generes un array de nombre fijo y de valor variable para tus checbox ..
Código PHP:
echo "<td><input type=\"checkbox\" name=\"seleccion[]\" value=\"$row['id']\"></td> \n";
El [] en el name de de ese checbox define que será un array para PHP .. y [] (sin indice) define que será autoincremental (comenzando en 0) a cada llamada que se haga de la misma variable (ejemplo en un bucle como ese while que se ecuentra ..))
(usa en $row['id'] el indice que le corresponda .. Te recomendaría trabajar con mysql_fetch_array o assoc para que puedas acceder a los indices del array entregado por esas funciones por su nombre asociativo .. así se vé más claro el código y se sabe de donde vienen los datos (de que nombre de campos) ..)
También te hace falta un formulario para meter todos tus checbox y su correspondiente botón de "enviar" (submint) ..
<form action="hacer_tal_cosa.php" method="post">
tu actual código donde generas tu checkbox ..
tu botón de submit ..
</form>
Así, en "hacer_tal_cosa.php" recibiras un array de nombre variable $seleccion (o mejor por $_POST['seleccion']) .. como array que es lo puedes recorrer con cualquier tipo de bucle (recomendable un foreach()) y a partir de ahí haces lo que requieras con ese ID de tu tabla ...
Si te das cuenta .. paso en los checkbox sólo el ID del registro a "mover" .. así puedo hacer consultas de "movimiento" tipo:
Obtener el registro a mover ("record set")..
SELECT * FROM tabla WHERE id='$id'
Y a continuación .. el INSERT correspondiente en la otra tabla con los $row[?] de esa tabla .. Y ... si son iguales (mismo número de campos y distribución en las tablas) puedes recorrer a su vez tus $row con un bucle (for .. foreach() ... etc) para insertarlos en tu otra tabla ..
Un saludo,