Usa un redimensionador de particiones para hacer mas chica la particion en el disco nuevo y copia tus datos para respaldar.
Despues puedes formatear ambas particiones sin problemas (obvio que la del respaldo no).
No das datos de que sistema de archivos tienes en los discos (NTFS/FAT32):
Si no lo tienes consigue el disco de rescate de windows98 (
www.bootdisk.com) y arranca con el.
Escribe c:\>fdisk /mbr Eso debe restaurar el sector de arranque para windows 98 (ya no arrancara XP), si es que XP no sobreeescribio archivos de la carpeta \windows deberia bootear windows98.
Si no arranca lo que puedes intentar es deshacerte de ambos: (si ambos discos son FAT32)
En ambos discos busca y borra (c:\>deltree directorio)
\windows
\Program files (archivos de programa)
\Documents and settings (documentos y ..) <-- aqui puedes tener datos tuyos
Eso elimina ambos sistemas y podras reinstalar como te plazca.