Hola,
Si no te entiendo mal, tu problema es con la consulta de compara1.php. Si te fijas en ella estas buscando los organismos con el id_min (id del ministerio) igual al valor del combo ministerios.
Y lo que tenias que hacer es buscar los de id_org (id del organismo) igual al valor del combo organismos.
Asi que la consulta de compara1.php seria:
Código PHP:
$query = "select * from organismos where id_org='".$_POST['id_org']."'";
Saludos.