Hola,
Te recomiendo DIA (
http://www.lysator.liu.se/~alla/dia/). Es opensource y tiene version para windows. Ademas te permite realizar mas tipos de diagramas (UML, redes, ...).
Pero esto no es una pregunta de PHP. Creo que es un tema mas "Ingenieria de software y gestion de proyectos" (foro que esta mas abajo, tienes un link en mi firma). Asi que lo muevo para alli (asi ves otros mensajes interesantes
)
Saludos.