Ya.¿Pero en que contexto? ¿Para el HTML generado (<img src=>)? ¿O para las funciones PHP (copy())?
Porque si es por el HTML generado, podrias usar URLs relativas al raiz del sitio:
<img src="/imagenes/imagen.gif">
O creo que tambien hay un atributo HTMl llamado basename, que sirve para especificar el directorio de referencia para las URLs relativas (src de <img>, links) Si va por HTML tu problema, me dices para mover este mensaje a dicho foro.
Saludos.