A lo que me refiero no es que haya espacio suficiente en el server, sino es que si tu archivo SQL o TXT de tu base de datos ocupa más de 2 MB, no lo vas a poder restaurar...
Es una limitación de PHP, viene por defecto para que no se puedan subir archivos via http de más de 2 MB (aunque tu server tenga 1000 GB libres de disco duro). Por FTP podrás subir archivos del tamaño que quieras, pero via HTTP con PHP sólo hasta 2 MB. De ahí que tengas que trocear el archivo en consultas más pequeñas