Hola,
Creo que no tienes mas remedio de especificar en la consulta los campos y usar alias para esos campos. Algo asi:
SELECT tabla1.campo as tabla1_campo, tabla2.campo as tabla2_campo FROM ...
Y luego accedes por el alias:
Código PHP:
echo 'Tabla1: '.$row['tabla1_campo'];
echo 'Tabla2: '.$row['tabla2_campo'];
Si haces $row['campo'] te recupera el primer campo con ese nombre.
Saludos.