Es muy difícil comprobar si una dirección e-mail existe. Una alternativa, dependiendo de algunos factores como la complejidad del servicio que ofreces, puede ser la activación de la cuenta vía email. (Eso donde para completar su inscripción los usuarios reciben un email enviado por ti, el cual contiene por ejemplo:su contraseña o un link que pasa algunas variables por URL). Esa forma es segura. Pero depende de qué tan importante es para tu usuario incluirse en tu BD.
saludos