Hola,
1.- Las actualizaciones a Windows XP desde un sistema operativo anterior, son muy problematicas, y eso lo irás viendo con el tiempo.
2.- Al hacer una actualización, todavia quedan restos de W98, por lo que seguramente ciertos archivos de inicio pertenezcan a W98. Estos pueden ser, el command.com, el io.sys, o msdos.sys.
Te recomiendo (y esto también lo hace microsoft) que guardes una copia de tus datos, y hagas una INSTALACIÓN LIMPIA del sistema operativo. Verás que el rendimiento es mayor, y te ahorrarás muchos problemas.
Salu2
Nathan
