¿Algo así? Código PHP:
<html>
<head>
<script>
opcion1='<select name="pepe"><option value="1">Opcion1<option value="2">Opcion2<option value="3">Opcion3</select>';
opcion2='<select name="pepe"><option value="1">Opcion1<option value="2">Opcion2<option value="3">Opcion3<option value="4">Opcion4</select>';
opcion=1
function cambio(){
opcion=-1*opcion;
document.forms[0].pepe.outerHTML=(opcion==1)?opcion1:opcion2;
}
</script>
<title>Untitled</title>
</head>
<body onload=cambio()>
<form>
<select name="pepe">
</select>
<input type="checkbox" name="pepepe" onclick="cambio()">
</select>
</form>
</body>
</html>