Yo trabajo con Jbuilder y lo que hago es que para la ventana principal utilizo el GridLayout de modo que me queda dividida en las filas y columnas que cada uno necesite. Luego en cada fila/columna pongo un JPanel y ya dentro de éste voy ajustando los componenetes (botones, campos de texto...) con sus propiedades (tamaño...). Esto con el Jbuilder no sé si con otra herramienta será igual.
Bye.