A ver, yo haría lo siguiente:
1.- Partición Fat donde guardar los datos.
2.- Instalación desde Boot de XP, donde le dirás que instale el S.O. SOBRE LA PARTICIÓN DONDE ESTÁ AHORA INSTALADO WINDOWS ME (esto es importante, no vayas a cargarte la partición de los datos)
3.- Una vez empieces con la instalación de XP, este te dará opción a formatear en NTFS o en FAT32.
Yo en principio formatearia a NTFS, ya que XP puede leer los datos de la partición que tienes en FAT32.
OJO: No formatees la unidad de los datos a NTFS, ya que pierdes los datos, y además no vas a necesitarlo.
Salu2
Nathan