Sí que se puede hacer.. al menos en mi registrador (eNom).
Por ejemplo tengo algun cliente con
www.sudominio.com , ese dominio va un servidor donde tiene la web colgada, con sus bases, correo y tal.
Despues tiene un
casa.sudominio.com que va a la ip de su ordenador de casa y alli tiene otra Web0 con sus bases, correos casa.sudominio.com et cetc todo independiente vamos.
Y si quisiera pues podria crear un
otraweb.sudominio.com y mandarla a otro servidor diferente a los otros dos. Eso si, estos servidores tienen que tener en su dns registrados estos subdominios para que sepan tratarlos. Por ejemplo, el dns de la makina de su casa tiene por ahi el casa.subdominios.com para que rule todo bien.
Un saludo