Hola Elkin sanchez:
Puedes averiguar el tamaño de la pantalla en pixeles con screen.width y screen.height, luego calcular la posición donde debería estar y reubicarla:
var posX = (screen.width - ancho) / 2;
var posY = (screen.height - alto) / 2;
window.moveTo(posX, posY)
ancho sería 640 en tu caso y alto 480
Saludos
