Hola,
Pues mira, inicialmente tu pagina_nyueva.php tendra PR 0. Puede que se salve la index.php, siempre y cuando tengas el PR en
www.dominio.com/ .
Ten en cuenta que google lleva el control de las paginas por la URL. Asi distintas URL, disitintos PR.
Asi que si de golpe te cargas las html y dejas las php, posiblemente pierdas posiciones. Ademas, debes tener en cuenta los links externos a tus paginas internas.
Mi consejo es que edites los html para que los links de navegacion apunten a los php, y mantengas ambas versiones durante un tiempo hasta que las php tengan un PR decente. Asi en los resultados seguiran saliendo las html, no perderas visitas, y las nuevas ganaran PR.
Es mi opinion. Puede que alguien que ya haya pasado por ello pueda aconsejarte mejor.
Saludos.