Hola,
Segun leo en el manual, PHP se puede compilar como modulo Java Servlet SAPI, e integrarlo en Tomcat (dicen que es en el que lo han probado). Mira en
www.php.net/java .
No puedo ayudarte mas, porque no lo he hecho nunca. Tampoco se si cambia el funcionamiento de PHP, seria cuestion de probarlo. Menos mal que tanto Tomcat como PHP son opensource y se pueden instalar en cualquier equipo para hacer pruebas.
Saludos.