No te equivoques. El fondo transparente de Photoshop en su formato nativo (PSD) es perfecto para trabajar con él pero no para llevarlo a aplicaciones para filmar (Freehand, Illustrator, Quark...).
Si deseas tener fondo transparente cuando te lo lleves a Freehand lo mejor es que te hagas un trazado de recorte con las partes que quieras que sean visibles y guardes en formato EPS (normalmente en DCS 1.0, que es un EPS que te separa cada plancha de color, suele ir perfecto).
Espero que esto te sirva de ayuda.
Un saludo.
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