Yo uso el Webalizer, me parece fácil de instalar y muy completo.
Te dejo un ejemplo :
http://www.hospedajeydominios.com/webstat/
Lo tienes incluso de fabrica en alguns distro de linux, tambien tienes los RPM, lo puedes administrar con el Webmin facilmente etc etc
http://www.webalizer.org/
Saludos