My.ini
Si instalas MySql en directorio distinto del sugerido durante la instalación (esto es, c:\mysql y c:\mysql\data) necesitas editar un archivo opcional, el my.ini o my.cnf. Tambien deberás recurrir a estos archivos si usas mysqld, mysqld-opt o mysqld-max-nt
La diferencia entre my.ini | my.cnf está unicamente en su ubicacion. my.ini debe estar en tu directorio de sistema (c:windows) mientras que my.cnf debe estar en el directorio raiz (c:). Solo debes usar uno de los dos. Los archivos My-huge.cnf, My-large.cnf, My-medium.cnf y My-small.cnf que encontraras en c:\mysql son modelos que puedes usar para tu my.cnf.
Referencia completa:
Apuntes de MYSQL