Hola,
PHP normalmente envia al navegador la salida segun se va generando, asi que no se puede modificar la salida.
Para tener control sobre la salida debes utilizar las funciones de control de buffer. Mira en
www.php.net/ob_start . Seria basicamente ir metiendo en el buffer la salida y borrarla en caso necesario.
Pero lo mejor es que organices tu codigo para que solo salga lo que tiene que salir. Las operaciones con el buffer relantizan PHP.
Saludos.