Hola, MajoseS.
El código parece correcto
De todas formas, no sería suficiente con poner:
<script>
a0=window.open('pdf/a1.fdf','a0','width=635,height=400,resizable=1');
a1=window.open('pdf/a2.fdf','a1','width=635,height=400,resizable=1');
</script>
Saludos,
P.D. Deberías poner un título más descriptivo en el mensaje. Le servirá a los que utilizan el buscador y seguro que la gente se anima más a entrar en tus mensajes.