Hola,
Para google cada pagina es independiente (entendiendo como pagian cada fichero individual). El no sabe que un conjunto de paginas forman un site, no las relaciona de esa manera. Por eso hay que poner los metas en todas.
Y el caso de los marcos es todavia peor. Google indexada las paginas que se cargan dentro de los marcos, y los muestra como un link a ese fichero, sin mostrar la pagina de marcos. Por ejemplo, si tienes tres marcos, top.html, left.html y main.html, google indexara esos 3 html por separado, y en los resultados mostrara un link directo a main.html (por ejemplo). Y se vera sola, tal como
www.misitio.com/main.html, sin los otros marcos. Asi que si la gente llega desde ahi y en esa pagina no hay ningun link al resto de paginas, pues no podran visitar el resto de tu site.
Saludos.