Hola,
Una forma que se me ocurre es meter el nombre de los ficheros en un array, y luego coger al azar un elemento de ese array y pasarlo al include. Algo asi:
Código PHP:
$encuestas=array("encuesta1","encuesta2","encuesta3");
// mareamos el array
shuffle($encuestas);
// cogemos el primer elemento
$encuesta=$encuestas[0];
// incluimos esa encuesta
include($encuesta.'.php');
Si quieres darle mas "aletoriedad", en lugar de coger el primer elemento, coge un elemento al azar con rand() (
www.php.net/rand).
Saludos.
PD: La aletoriedad en programacion no es tan aleatorio como deseamos.