Hola,
Si no me equivoco esos formatos solo aceptan comprimir un fichero. Si mal no recuerdo, en
www.zend.com habia un articulo para crear un .zip con estructura de directorios. Y la otra opcion es crear un .tar con el contenido del directorio y comprimir con gz o bz2 ese tar. Sobre crear un tar me suena que hay un articulo en
www.devshed.com
Suerte.