Hola,
Supongo que usas URL relativas. Quizs te sirva poner el tag HTML <base>
http://www.w3schools.com/tags/tag_base.asp . No se si sirve para los CSS.
Prueba y comentanos. Sino, la otra opcion que se me ocurre es que pongas otras reglas al mod_rewrite para las URL modificadas.
Suerte.