Lo ideal es que usases los comandos SQL de Msyql para tal fin .. con lo cual podrías usar trasnsacciones por ejemplo y asegurarte 100% que ese LAST_INSER_ID és y será el que se acaba de generar ..
Ejemplos de uso de esta funcionalidad en Mysql tienes en su manual oficial:
http://www.mysql.com/doc/en/Miscella...functions.html http://www.mysql.com/doc/en/ANSI_diff_Transactions.html
Un saludo,