Cita: Me han comentado de los templates pero no estoy seguro si sea una forma adecuada
Los "templates" .. te ayudarán a separar tu código PHP de la presentación que le des a toda esa lógica (procesos y accesos a tus BD) que hagas .. No es mala opción .. pues podrás trabajar en paralelo con el diseñador (que toque sólo HTML y diseño en sí ..) y con tus programadores (que haran tu código PHP y tus consultas a tu BD .. etc).
Ademas, si tienes previsto cambiar el diseño de la aplicación que hagas o de tener vários "skinks" (caras .. ) de esa misma aplicación .. con "templates" tan sólo es diseñar una más y listo (para nada se tocaría al código PHP en sí..)
Claro .. esto implica un aprendizaje (el manejar un motor de templates que suele usar OOP .. ) y de estructurar mejor tu proyecto .. pero NO es mala opción. Es una opción más a evaluar si el proyecto lo requiere o no.
Sobre el tema de tus articulos en .doc y otros formatos .. para almacenarlos en tus BD .. Lo ideal es que sea PHP el que usando esas "templates" le de formato a los datos que vas a presentar (con uno o varios formatos que le des) ... pero; en Mysql (en tu BD) -sólo- guarda la información en sí y algúnos códigos de control(si son necesarios) que uses para .. por ejemplo poner una imagenes (que tendrás en tu BD como referencia a ese articulo en otro sitio) .. formato de texto (en las zonas que no sean predefinidas ..) etc.
El caso es no guardar "HTML" en tus campos de tu BD .. Pues, eso por ejemplo limitaria y "engordaría" tus BD con datos que puedes darle formato desde PHP (y a su vez si quieres versatilidad ayudado de un motor de templates el cual le dará formato "dinámicamente" cada vez que se visualice tu artículo).
Esto mismo, (el echo de guardar sólo el "texto" y poco más en tu BD) te dejará más posibilidades para .. por ejemplo, hacer una versión "imprimible" de ese artículo (no sólo una página HTML sin menus .. y otras cosas que rodeen al artículo .. sino a "PDF" .. exportar (o sindicar) esos artículos en formato XML (o RSS y derivados) ... etc .. etc ...
Si partes de unos datos "puros" puedes darle el formato que quieras en todo momento .. Pero si partes de un "dato" ya "adulterado" con etiquetas HTML y demás .. tendrás primero que "quitar" esas etiquetas para luego darle otro formato (cosa q a veces resulta mejor y otras no .. )
Un saludo,