Ok.. mira.. para trabajar con .net es necesario que tengas corriendo el servicio del IIS, no es que venga incluido en la version del net.. sino que es parte de un "SERVICIO" de windows, y es tambien necesario tener el net framework instalado y con el webmatrix.. ya puedes correr tus aplicaciones web.
Solo que checa que cada vez que hagas una aplicacion esté como directorio virtual (si es que lo quieres en otro directorio)
ASí que verifica todo eso y haz tus pruebas, de todas formas cualquier cosa por aqui andamos.
Saludos y suerte..