Los marcos generan problemas?

[somos]

Hola, estoy empezando a desarrollar aplicaciones web con Apache-PHP-MySQL y algo de Dreamweaver.
La pregunta tiene un poco que ver con el tema diseño y otro poco con el tema scripts.
Según escuché o leí, los marcos presentan problemas en el desarrollo de un sitio.
por eso les pregunto a ustedes que debo tener en cuenta al momento de diseñar una aplicación comercial.
Dónde puedo aprender el ABC a tener en cuenta?
He visto que la mayoría de los sitios no usan marcos, por qué?
cuáles son los problemas que podría tener?
veo que en las páginas mayormente usan capas y tablas, en qué caso debería usar marcos, en ese caso... podría evitarlos?, debería?
Un abrazo.
Gracias.
Sergio