Hola richarpaz.
La elección de como hacer tu seguridad te corresponde por completo a ti, yo solo puedo orientarte en cuanto a lo que yo haría o no y porque.
En cuanto a lo que dices de que al ponerlo en un .js ya no se ve, eso no es del todo cierto. Los js quedan en los temporales de internet.
Pero insisto, haz lo que creas conveniente para ti.
Si quieres saber como poner tu código como un achivo js, revisa el
FAQ-24.
Saludos.