Backup incremental server web

[gogupe]

Hola a todos.

Quiero asesoramiento para realizar backup's incrementales.

Tengo un servidor VPS con varios dominios, cada uno con sus web y base de datos, la idea que quiero es copiar los archivos de las webs.

Como una web no se van a modificar los archivos, es una tontería realizarlo incremental, pero he tenido ataques hacker donde varios archivos han sido modificados (index, .htaccess y otros) y si copio y machaco estos archivos, me quedaré con una última copia inválida.

Existe alguna herramienta desde terminal de linux o interfaz, que me hagan copia incrementales por cada cambio que se produzca?

Muchísimas gracias a todos