Redeclaración de objetos.

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en resumidas cuentas, NO no puedes incluyr otro CLASSNAME que ya haya declarado en la ejecucion del SCRIPT, o bien pasas por NameSpaces, o en tu BUCLE, haces llamado de forma externa para evitar la redeclaraciones

Código PHP:

foreach ($Establecimiento as $clave => $otro){
   system("php.exe hacerproseopor_etablecimiento.php $clave");
}
 

o si prefieres, tendras que pasar por hacer uso de NAMESPACES o bien
suponiendo que tu APIfiltrosProduccion es del tipo

Código PHP:

class APIfiltrosProduccion{
     public function haceralgo(){
 
     }
}
 

pasarlo a algo ,,mmm no recuerdo que patron de diseño era ejej pero digamos a algo asi

Código PHP:

APIfiltrosProduccion::metodo('haceralgo',function(){
 
});
 

bueno ay muchas soluciones, la cosa es ver con cual se adecua a tus requerimientos