Ciclo for con consulta a la bd

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y para que quieres recorrer toda tu tabla si con una consulta SQL , obtene la lista de todos los tengan "usuario=0" y recorres y asignas el valor que quieres claro con su query respectivo como update

Código MySQL:

SELECT usuario,nivel,posicion FROM Mitabla WHERE usuario='0' OR usuario IS NULL;
 

Código PHP:

foreach($pdo->fetchAll(\PDO::FETCH_ASSOC) as $row){
     $valor_de_usuario = '99';
       funcion_que_actualiza_usuario($row["nivel"],$row["posicion"], $valor_de_usuario );
}