Hola.
No hay problema de hacer un JOIN con la misma tabla para diferentes clavas foráneas. Algo como esto debería funcionar:
Código MySQL:
Ver originalJOIN AEROPUERTOS a1
ON (a1.id_aerop
= RUTAS.id_aerop_origen
) JOIN AEROPUERTOS a2
ON (a2.id_aerop
= RUTAS.id_aerop_destino
)