No entiendo, primero creas $dataURI con cadena de tipo e información codificada en base64, pero, en la siguiente línea intentas regresar todo a la cadena original. En verdad, no tiene sentido.
Cómo sabes si $data no contiene ya la cadena de tipo?
Primero:
Código PHP:
Ver original// Elimina la información de tipo de archivo, si es que viene incluida
$data = str_replace('data:image/png;base64,', '', $data);
// Elimina solo espacios antes y después del contenido, no es necesario remplazarlos todos
// Finaliza el proceso como lo haces ahora
$file = 'fotos/image1.png';
Antes de otra cosa, revisa el archivo, de preferencia en el navegador, para que compruebes la ruta y que, efectivamente, el archivo se guardó como imagen png válida.
Por último, probablemente la ruta que estás proporcionando a FPDF es incorrecta o debería ser absoluta en vez de relativa.