Google no va a penalizar ninguno de los 2 sitios; la penalización por contenido duplicado es un mito.
El escenario ideal es que cada sitio web tenga contenido distinto; si esto no puede ser evitado, Google no te penalizará pero, claro, no tendrás control sobre lo que Google decida mostrar en los resultados de búsqueda. Puede ser uno u otro contenido, en lugar de optimizarlo de tu lado estarás dejando que decida el algoritmo
