1.- no los has encontrado porque realmente no sabes lo que buscas
Cita: Y cuando entro a esa ruta me aparecen puros números, miles o millones de números que me trabó mi lap.
Precisamente esos son los virus o malware, es código malicioso ofuscado... si lo encontraste solo que no sabes como identificarlo.
2.- Veo que tu sitio esta en Wordpress, instalate el plugin wordfence, es algo pesadito y afecta el rendimiento de tu sitio pero es mejor eso a estar expuesto, sumado a eso, este plugin te dira exactamente que archivo esta afectado, te dara la opcion de eliminarlo automáticamente o bien puedes ir por ftp a solventarlo manualmente, recomiendo esto ultimo.
3.- Porque hay tantos dominios?
Cita: hay casi 12 dominios dentro del servidor
Son tuyos o es un servidor compartido? si es compartido mas vale que te mudes, es un fallo siquiera que tu puedas tener acceso a los archivos de otros.
4.- si todos esos dominios son tuyos empieza por depurar, separalos en distintas cuentas y/o proveedores.