Hola pacoalonso79!!!
Supongo que ya lo habras probado pero por si acaso ahi va,
has provado a ir fisicamente al server (o desde un telnet) y ejecutar mysql???
Con ello abriras una consola contra el mysql, y desde ahi ya puedes seleccionar un BD y tirar las select y updates que creas oportunas.
Suerte.
saludos,
kripton